各地诸侯兵临洛阳，华雄身死，吕布不胜，董卓有点害怕起来。他与大臣们商议迁都，董卓说：“关中土地肥饶，所以秦国能吞并六国，统一天下。而且陇右地区出产木材，杜陵在武帝时留下的烧制陶器的窑灶，全力经营，很快就能安顿好。跟百姓怎么值得商量，如果他们在前面反对，我以大军在后驱赶，可以让他们直赴沧海。”
杨彪说：“动天下是很容易的，但再安天下就很困难了，愿您考虑！”
董卓脸色一变，说：“你要阻挠国家大计吗？”太尉黄琬不以为怵，昂首说道：“这是国家大事，杨公所说的，恐怕是可以考虑的。”董卓不答话。司空荀爽看见董卓已很生气，恐怕他要伤害杨彪等人，于是和缓地说：“难道相国是乐于这样做吗！他也是心有无奈啊，你们看这崤山以东起兵，不是一天可以平定的，所以要先迁都，以对付他们。这正与秦朝和汉初的情况相同。”董卓以为总算遇到知己，怒气才稍有平息。
黄琬退下后，又上书反对迁都。二月，董卓以灾异为借口，上奏皇帝，免除黄琬、杨彪的职务。任命光禄勋赵谦（字彦信，蜀郡成都人）为太尉，太仆王允为司徒。城门校尉伍琼（字德操，伍孚之弟）、督军校尉周毖（字仲远，武威人）坚决劝谏，反对迁都，董卓大怒，说：“我初入朝，你们两个劝我选用良善之士，我听从了，而韩馥、刘岱、孔伷、张咨、张邈等人到任后，都起兵反对我，这是你们两个人出卖我，我有什么对不起你们！”然后逮捕伍琼、周毖，将他们处斩。杨彪、黄琬一看真的死人了，心中恐惧，就到董卓那里谢罪。董卓也因杀死伍琼、周毖而感到后悔，于是上表推举杨彪、黄琬为光禄大夫。
董卓不顾大臣们反对，决定把汉献帝和上百万人口迁到长安，自己留在洛阳附近对付联军。董卓逮捕洛阳城中富豪，加以罪恶之名处死，把他们的财物没收，死者不计其数。驱赶剩下的数百万居民，都向长安迁徒。献帝被迫离开洛阳的时候，为了防止官员和人民逃回故都洛阳，命步兵、骑兵在后逼迫，马踏人踩，互相拥挤，加上饥饿和抢掠，百姓不断死去，沿途堆满尸体。董卓自己留驻在毕圭苑中，命部下纵火焚烧一切宫殿、官府及百姓住宅，二百里内，房屋尽毁，不再有鸡犬。又让部下率兵挖掘历代皇帝陵寝和公卿及以下官员的墓地，搜罗珍宝。在掘开长陵陵区内刘邦皇后吕雉的墓穴（汉制帝、后同陵不同穴）时发现，吕后的尸体历经那么多年仍然如刚死不久，董卓手下的兵士动了邪念，竟然奸了尸。董卓曾捉到一批山东兵，他命人用十余匹涂上猪油的布裹到这些山东兵的身上，然后从脚点火，将他们烧死。
整个洛阳城狼藉不堪，在董卓肆意践踏破坏下，已是千疮百孔，满目疮夷。曹操对此悲愤不已，他写了一首诗《薤露行》，予以讥讽：
贼臣持国柄，杀主死宇京。荡覆帝基业，宗庙以燔丧。播越西迁移，号泣而且行。瞻彼洛城郭，微子为哀伤。
当初，光武帝迁都洛阳，所携图书装车达二千馀辆。经历代收集，桓帝、灵帝时藏于辟雍、东观、兰台、石室、宣明、鸿都等处的典籍图录盛极一时。献帝初平元年（190），董卓迫令迁都长安，吏民扰乱，国家藏书大被毁，帛书大则连为帷盖，小者制为滕囊，被王允保护下来随朝廷西迁的只有七十多车，道路艰远，途中又散失其半。至兴平二年，李傕、郭汜相攻，长安大乱，献帝出避，李、郭率军平追，百官士卒死者不可胜数，皆弃其妇女辎重、御物、符岫、典籍。自经此乱，东汉皇家藏书荡然无存。
初平元年三月，献帝到达长安，在京兆尹的府中住下。后将宫殿稍加修整，才搬入宫中。这时董卓还未到长安，朝中大小事务都交给司徒王允负责。王允在外补救缺失，在内为王室筹划，很有大臣风度，从天子到文武百官，都倚靠王允。王允对董卓曲意逢迎，而董卓也一直信任王允。
荀攸与议郎郑泰、何颙、侍中种辑等人商议说：“董卓无道，天下人都怨恨他，虽然他聚集了不少精兵，但实际上不过是一个勇夫而已。我们应该刺杀他以谢百姓，然后借皇帝的诏令来号令天下，这是像齐桓公、晋文公那样的霸王之举。”事未成就被人发觉，收何颙、荀攸入狱，何颙忧惧自杀，荀攸言语饮食自若，郑泰出逃，东归袁术。
四月，驻在酸枣的各路军队因为粮食吃尽，兵众四散。兖州刺史刘岱与东郡太守桥瑁相互敌视，刘岱想杀死桥瑁但是没有表现出来，于是问计于部下说：“东郡的桥瑁，不听号令，该如何办呢？”
“攻打东郡！”一个叫王彧的老臣揣摩到刘岱的心思，于是站出来说。
刘岱因考虑到攻打东郡有失名望，又无必胜把握，怎么能攻打呢？便下令把王彧的人头砍了，并把人头送到东郡，说明了这件事。桥瑁以为刘岱放下成见，意欲和好，于是前来拜谢。刘岱趁机将桥瑁杀害，并任命王彧的儿子王肱兼任东郡太守。青州刺史焦和也起兵讨伐董卓，想与各路将领会合，一道西征，没有保护本州人民的安全。焦和为官不善领兵，黄巾起时，兵多器锐，粮食充足，见黄巾贼便走，不敢与其交战。天下大乱之后，焦和所辖土广人稠，兵多将广，坐拥青州，总被弱小所欺凌。后焦和因被敌军追击，受惊吓而死。袁绍派广陵人臧洪兼任青州刺史，安抚百姓。
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