崇祯十年二月，即位不到一个月的太子朱慈烺主动禅位给弟弟定王，年号依然是夏天南定下的永历，自己则变成了一个普通的皇子，而且终身没有踏出慈庆宫方圆一里的范围。杨嗣昌和吴三桂则以“矫诏”并且擅自残害同僚的罪名被处斩，帮助朱慈烺顶了罪，两万关宁铁骑被收编，与山东的骑兵合并，组成了一支三万人左右的精锐骑兵。
辽东军阀集团的话事人祖大寿则接到了京城的命令，让他进京面圣，并“高升”为五军都督府左都督，同时协理京营戎政。放在以往，这种“杯酒释兵权”的套路绝不会让祖大寿上钩，可是当吴三桂被处斩的消息传回来后，加上琼海军宣称即将北上宁远“演习”，面对重重压力，祖大寿终于在夏天南派出的秘使威逼利诱下放弃了军权，去京城养老。接替辽东总兵官和征辽前锋将军的人选则是在辽南立下赫赫战功的孛日帖赤那，也就是前琼海军陆战队指挥官慕容龙城。接替陆战队指挥权的则是副手博尔忽。
永历皇帝继承大统后，颁布圣旨，在京城修建“征虏大将军府”，规定全国军事和重大政治决定都要通过大将军的决定才能施行。永历元年之后，大将军府成了明王朝实际上的权力中心，与日本的幕府有异曲同工之妙。夏天南通过这种“和平演变”的方式掌握了大权，却没有引起全国太大的反弹。
琼海军成了将军府直属部队，将驻地移到了天津卫，并且继续扩充，达到了八万人，并保持了将近五万人的预备役部队。由于大将军府决定今后的对外战争都交给琼海军承担，所以几大边镇的军队，除了关宁军是按照琼海军的方式改编外，其余边镇都进行了兵员清理，裁撤冗员、削减空饷名额，缩减了军队规模，据实拨付粮饷，一定程度上减轻了中央财政负担。
因为荷兰东印度公司的屈服、西班牙势力的衰退，南面海疆没有了强大的对手，海军仅在琼州保持了一支常备舰队守住南海门户，其余战舰都调到了渤海湾，配合扩编后的陆战队，以旅顺口、皮岛为据点，以登莱为后方基地，掌握了辽南半岛的控制权，保持对满清的压力。面对辽南能够威胁后方腹心之地的“钉子”，以及重新改编后更具攻击性的关宁军，皇太极不敢轻举妄动，接下来的两三年都不敢发动大规模的军事攻击，几次对宁锦防线和辽南的试探性进攻都被轻而易举化解。以往那种绕过长城，在内陆如入无人之境的现象一去不复返。
遏制住满清的南下后，夏天南腾出手来收拾国内局面。扩编后的第二军和第三军共计五万多人挺进西北，第一军则留在北直隶作为守卫京城的卫戍部队。五省总督洪承畴成了剿寇总顾问，负责调度原有的官兵协助琼海军作战。
为了支撑全国的军事行动，在台湾开发立下大功的朱大典被调回，任命为两江总督，负责整个江南地区及江西、河南的军政事务，兼理粮饷和两淮盐政。跟随他返回内陆的，还有台湾垦荒历练出来的一万多屯丁。朱大典接到的指令，是对江南这个富庶之地进行清丈隐田，一劳永逸地解决明末财政问题，实现赋役均平。
轰轰烈烈的清丈隐田全面铺开，触犯了很多勋贵、豪绅、官宦的利益，明里暗里的抵制层出不穷。宗室勋贵公开抵抗清丈，官员、豪绅暗中贿赂办事人员，并将余粮隐藏，并串联沟通，喊出了“不纳粒米与朝廷”的口号，企图以整个江南拒绝缴纳粮赋的办法施加压力，让清丈流产。
大将军府的应对办法是从台湾、琼州调集数十万石粮食海运入京，弥补江南没有及时缴纳上解粮赋的亏空，并针对性发出了“宁远不征江南一粒米，也要清丈到底”的强音。有了这样的底气，朱大典在夏天南的授意下对江南的特权阶层进行了“史上最严酷的打击”。参与抵制的勋贵们被永历皇帝下旨或贬为庶人，或被削夺宗禄；涉及到的官员一律免职；豪绅则抄查家产，“锁拿治罪”。
铁腕政策让清丈隐田得以顺利进行，比张居正时代的改革更为成功，根据新编的鱼鳞图册，江南地区新增的田亩达到了三万万亩（3亿亩），大明捉襟见肘的赋税囧境一夜之间就解决了。
有了充足的粮饷作为支持，西北的军事行动异常顺利。面对先后击败过两任“闯王”的琼海军，无论是张献忠、罗汝才还是老回回，大小流寇势力都是望风而逃，不敢正面决战。大将军府制定的剿寇策略是“步步为营”，每打下一个地方，就建立屯堡，收拢流民恢复耕种，同时用军事化手段管理流民，形成了类似卫所的屯丁。这样既避免了流民因为食不果腹重新被裹挟作乱，又巩固了当地的防务。即使流寇杀个回马枪，重新流窜回来，在武装起来的屯丁面前也占不到便宜，而且很快会遭到闻讯而来的正规军打击。
在这样的策略面前，流寇的空间被一步步压缩，最终于永历三年初，知名的头目全部被剿杀干净，余下的零星势力则选择了招安，困扰大明王朝十几年的难题被化解。
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